若異養菌、鐵細菌、硫酸鹽還原菌（SRB）數量高，應優先選擇廣譜非氧化性殺菌劑；

若冷卻塔填料或水池表面有明顯綠色、黑色藻類滋生，則需兼顧殺藻能力；

若生物黏泥嚴重，應選用具有剝離作用的藥劑。

系統含銅、鋁等有色金屬時，避免使用高濃度氧化性殺菌劑；

若已投加陰離子型阻垢劑（如聚丙烯酸），不宜選用陽離子殺菌劑（如1227），以防生成絮狀沉淀；

高濃縮倍數系統中離子強度大，應選擇抗干擾能力強的藥劑。

連續投加：適用于微生物負荷穩定的系統，劑量低、波動小；

沖擊投加（每周1–2次）：適用于生物黏泥風險高的系統，能快速殺滅并剝離生物膜；

建議采用交替使用不同機理的殺菌劑（如本周用異噻唑啉酮，下周用DBNPA），防止微生物產生抗藥性。

在排放受限區域（如總磷、COD或特定有機物有嚴格限值），應選擇易生物降解、低毒性的藥劑（如異噻唑啉酮、二氧化氯）；

避免使用含汞、砷、有機錫等高毒成分的產品；

操作安全性高、儲存穩定的藥劑更利于現場管理。